根据实地考察及查阅相关资料，澄碧河自然保护区内目前已知陆生脊椎动物238 种，隶属于4 纲25 目76 科，其中，两栖类22 种，爬行类44种，鸟类144 种，兽类28 种。
1、常见种类:
两栖类有蟾蜍科的中华蟾蜍华西亚种、黑眶蟾蜍；蛙科的沼蛙、泽蛙、虎纹蛙、花臭蛙、大绿臭蛙、棘胸蛙、棘腹蛙；树蛙科的斑腿树蛙、锯腿小树蛙；姬蛙科的花狭口蛙指名亚种、饰纹姬蛙等。
爬行类动物有平胸龟科的平胸龟，鳖科的中华鳖，壁虎科的中国壁虎、大壁虎，鬣蜥科的变色树蜥、丽棘蜥，蜥蜴科的南草蜥，石龙子科的中国石龙子、铜蜓蜥，蟒科的蟒蛇，游蛇科的三索锦蛇、黑眉锦蛇、王锦蛇、华游蛇，眼镜蛇科的眼睛王蛇、金环蛇、银环蛇，蝰科的尖吻蝮、竹叶青等。
鸟类主要有绿鹭、栗苇鳽、黑鸢、红隼、原鸡、朱颈斑鸠、褐赤鸦鹃、小鸦鹃、普通翠鸟、白胸翡翠、白头鹎、红耳鹎、纯色山鹪莺、黑卷尾、斑文鸟等。
兽类主要有赤腹松鼠、鼬獾、小灵猫、果子狸、豹猫、野猪、小麂等。
2、重点物种：
在澄碧河自然保护区丰富的动物资源中，有国家Ⅰ级保护动物蟒蛇，国家Ⅱ级保护动物海南鳽、褐冠鹃隼、蛇雕、黑鸢、雀鹰、凤头鹰、松雀鹰、大鵟、原鸡、褐翅鸦鹃、小鸦鹃、领角鸮、领鸺鹠、斑头鸺鹠、大壁虎、虎纹蛙、水獭、小灵猫等，广西重点保护野生动物黑眶蟾蜍、泽蛙、平胸龟、三索锦蛇、赤腹松鼠、鼬獾、豹猫等多种。
