澄碧河水库目前已知陆生脊椎动物160种，隶属于4纲23目59科，其中两栖类1目4科12种。爬行类3目11科26种，鸟类14目33科102种，兽类5目11科20多种。具体为：
①兽类：
臭鼩、小菊头蝠、中蹄蝠、大蹄蝠、双色蹄蝠、蝙蝠、小家鼠、褐家鼠、黄胸鼠、黑家鼠、中华竹鼠、鼬、狗、水獭、小灵猫、果子狸、食蟹獴、豹猫、野猪、小鹿、猕猴。
②两栖类：黑眶蟾蜍、沼水蛙、泽陆蛙、虎纹蛙、棘腹蛙、锯腿小树蛙、斑腿树蛙、小弧斑姬蛙、饰纹姬蛙、花姬蛙、花狭口蛙。
③爬行类：平胸龟、眼斑水龟、中华鳖、丽棘蜥、变色树蜥、中国石龙子、铜蜓蜥、南草蜥、蟒蛇、绿瘦蛇、草蝮链蛇、翠青蛇、红点锦蛇、黑眉锦、紫沙蛇、灰鼠蛇、红勃颈槽蛇、中国水蛇、铅色水蛇、舟山眼镜蛇、眼镜王蛇、金环蛇、银环蛇、白头蝰、竹叶青。
④鱼类：太湖新银鱼、青鱼、鯮、草鱼、赤眼鳟、鳡、马口鱼、大眼近红鮊、翘嘴鮊、三角鲂、鳊、伍氏半餐、餐、光倒刺鲃、倒刺鲃、桂华鲮、单纹似鳡、瓣结鱼、叶结鱼、鲮、鲤、鲫、鳙、鲢、鲇、革胡子鲇、黄颡鱼、福建纹胸鮡、食蚊鱼、黄鳝、莫桑比克非鲫、尼罗非鲫、花鲈、波纹鱖、子陵吻假虎鱼、斑纹舌假虎鱼、丝鳍吻假虎鱼、斑鳢、大刺蝤。
⑤鸟类：
小鸊鵜、凤头鸊鵜、池鹭、大白鹭、中白鹭、白鹭、夜鹭、牛背鹭、绿鹭、绿翅鸭、棉凫、红头潜鸭、青头潜鸭、褐冠鹃隼、蛇雕、黑鸢、雀鹰、凤头鹰、松雀鹰、大鵟、红隼、鹧鸪、灰胸竹鸡、原鸡、环颈雉、白胸苦恶鸟、普通秧鸡、蓝胸秧鸡、环颈鸻、灰头麦鸡、白腰草鹬、林鹬、矶鹬、丘鹬、山斑鸠、火斑鸠、珠颈斑鸠、四声杜鹃、噪鹃、八声杜鹃、褐翅鸦鹃、小鸦鹃、领角鸮、白腰雨燕、小白腰雨燕、斑鱼狗、普通翠鸟、白胸翡翠、蓝翡翠、蚁鴷、大斑啄木鸟、家燕、金腰燕、黄鹡鸰、灰鹡鸰、白鹡鸰、树鹨、粉红山椒鸟、赤红山椒鸟、灰喉山椒鸟、北红尾、灰林场黑喉石 红尾水 蓝矶鸫、乌鸫、棕扇尾莺、黑喉山莺、纯色山莺、长尾缝叶莺、黄腰柳莺、黄眉柳莺、金眶鶲莺、棕脸鶲莺、乌鶲、海南蓝仙鶲、红头长尾山雀、大山雀、灰腹绣眼鸟、暗绿绣眼鸟、红尾伯劳、棕背伯劳、黑卷尾、发冠卷尾、红嘴蓝鹊、大嘴乌鸭、八哥、麻雀、山麻雀、白腰文鸟、斑文鸟、凤头鵐、栗鵐、灰头鵐。
在澄碧河水库陆生脊椎动物中，国家重点保护动物18种，其中国家Ⅰ级保护动物1种，即蟒蛇。国家Ⅱ级保护动物17种：水獭、小灵猫、褐冠鹃隼、蛇雕、黑鸢、雀鹰、凤头鹰、松雀鹰、大鵟、原鸡、褐翅鸦鹃、小鸦鹃、领角鸮、领鸺鹠、斑头鸺鹠、大壁虎、虎纹蛙。
