澄碧河库区内共有维管束植物约550种，其中有野生维管植物461种，栽培植物有89种。常见的蕨类植物有凤尾蕨、蜈蚣蕨、海金沙、槐叶苹、铁芒萁、乌蕨、翠云草、笔管草、抱石莲、狗脊蕨等；裸子植物常见有的马尾松、杉木；被子植物常见的有喜旱莲子草、青葙、土荆芥、龙珠果、异色猕猴桃、番石榴、桃金娘、海南蒲桃、地菍、刺蒴麻、山芝麻、磨盘草、土蜜树、虾公木、毛果算盘子、中平树、余甘子、乌桕、蛇莓、栽秧泡、茅莓、台湾相思、簕仔树、大猪屎豆、粉葛、枫香、板栗、栓皮栎、麻栎、槲栎、葎草、野漆树、盐肤木、水芹、醉鱼草、下田菊、五月艾、三叶鬼针草、苏门白酒草、革命草、苍耳、通泉草、马缨丹、黑藻、浮叶眼子菜、凤眼莲、海芋、浮萍、灯心草、双穗雀稗、芦苇等。
湿地植物有木贼、问荆、笔管草、苹、蕺菜、蔊菜、水蓼、红辣蓼、喜旱莲子草、黄金凤、水苋菜、节节菜、圆叶节节菜、草龙、过塘蛇、小二仙草、皂柳、水芹、半边莲、婆婆纳、黑藻、泽泻、长瓣慈菇、浮叶眼子菜、小叶眼子菜、竹叶子、水竹叶、凤眼莲、鸭舌草、有尾水筛、浮萍、品萍、紫萍、翅茎灯心草、灯心草、稗子、双穗雀稗、芦苇、茭白、稻、象草等40种。
在所有植物中，有国家Ⅱ级保护植物3种，即金狗毛、香樟、花榈木。
